1、甲醇超标：葡萄酒在发酵过程中，甲醇的产生是不可避免的，不论是自酿还是工业化生产都会产生。因为甲醇的产生主要来源于原料。一方面，葡萄皮中的果胶在果胶酶或热能的作用下分解出甲醇，霉变也会产生大量甲醇，发酵越彻底，甲醇含量会越高。
2、易爆炸：葡萄酿酒发酵过程中，会将糖分等物质转化为酒精，然后会产生大量气体，气体在完全密闭的容器中越来越多，产生出巨大的压力，一旦超过容器的承受限度，容器就会被炸开。因此，人们在自制葡萄酒时，容器内一般要留1/3的空间以备发酵，盖子不要盖得太紧。装满自酿葡萄酒的容器就是一枚定时炸弹。
3、杂菌污染：与甲醇超标相比，杂菌污染导致的有毒物质积累是更常出现的问题。我们觉得可口美味的东西，微生物也同样喜欢。葡萄果实中大量的葡萄糖为酵母提供了适宜的营养来源，同时也为其他杂菌提供了良好的生存条件。
