九州牧云与九州缥缈没有联系。不过两部剧都是以九州世界为大背景，作者不同，九州缥缈录故事发生在牧云记六百年之前，九州缥缈录主角姬野是九州牧云记的姬公主的先祖。
《九州海上牧云记》是根据今何在的同名小说改编，与《九州缥缈录》不是一个作者，所以从这点来看，没有什么联系，不过实际上两部剧还是有点联系的。
两部剧都是以九州世界为大背景，而《九州缥缈录》的故事很明显是发生在《九州海上牧云记》之前，两者相差了六百年左右。《九州缥缈录》的姬野是《海上牧云记》姬公主的先祖，姬野死后，姬昌夜发动政变，建立了大燮，而姬野子嗣流落到民间，过着逃亡的日子，百余年后，姬野后人姬云烈建立了大晟王朝，也被称为后燮。
后燮末年，蛮族南下，牧云氏和穆如氏约定，谁能第一个进驻天启就可称为天下之主，后燮将士拼死抵御牧云氏和穆如氏的大军，可最后还是向牧云氏投降，开城门迎新君，从此牧云氏成为天启王室，史称端朝，后燮宗室在地下城生存了三百多年，《海上牧云记》的故事正是发生在端朝三百多年，姬氏的首领是姬公主，也是姬野的后人，前朝金枝，一心想要复国，直到死也没能如愿。
《九州缥缈录》和《九州海上牧云记》共用一个世界观，却展现了不同的故事，如果非要将两者联系在一起，只能说《海上牧云记》发生在《九州缥缈录》六百年之后，至于姬野和姬公主的关系。
