水中的有害物质不断增多，破坏水质进而对鱼造成损害。水族箱过滤系统可以彻底清除水中的各种有毒物质以保持水质良好。水族箱过滤系统分为物理过滤和生化过滤：
物理过滤，滤除水中肉眼可见异物的过程，包括：鱼便、残饵等各种有机物颗粒、以及纤维、尘埃、滤材脱落的粉末等各种颗粒，物理过滤的效果越好过滤后残留的杂质越少，生化过滤的压力就越小，加强造流可以有效提高物理过滤的效率；生化过滤，通过水循环利用微生物的生化反应来消除水中肉眼看不见的有害物质的过程，生化过滤依靠硝化系统所培养的硝化菌对有毒物质进行氧化分解并
