东非大裂谷南起赞比西河的下游谷地，向北延伸到马拉维湖北部，并在此分为东西两条。东面的一条是主裂谷，穿越坦桑尼亚中部的埃亚西湖、纳特龙湖等，经肯尼亚北部的图尔卡纳湖以及埃塞俄比亚高原中部的阿巴亚湖、兹怀湖等，继续向北直抵红海和亚西湾，全长5000多公里。西面的一条经坦噶尼喀湖、基伍湖、爱德华湖、艾尔伯特湖等一直到苏丹境内的白尼罗河促进，全长1700多公里。由于这条大裂谷在地理上已经实际超过东非的范围，一直延伸到死海地区，因此也有人将其称之为“非洲—阿拉伯裂谷系统”。
