鉴于你的情况说的不太明，我只能解释一部分。
已经办好准迁证和迁移证，户籍这部分基本跟你们单位没有关系了。那么你只要能在《申报常住户口登记表》上盖到原单位公章就可以顺利落户到上海（前提是你的档案也顺利转到上海的人才中心）。你可以跟你们原单位老板或者管人事管公章的人说说好话。盖了章之后，携带《准予迁入证明》、《户口迁移证》、《迁沪落户确认单》、《申报常住户口登记表》至人才交流中心（地址：开具《存档凭证》和《申报户口证明信》。再带上准迁证和迁移证就可以落户。
要是实在不给盖章，你放弃落户，那就到你原来打算落户的派出所，开一个未落户证明，再回原籍派出所恢复户口。
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