1、物业、水电、公共维修基金等费用较高。由于商住两用房的水电价格实行商业用标准，较之一般生活用标准要相对较高、物业收费也较少受到政府部门的限制、公共维修基金也与商户就共有所有权部分的维修进行平摊。
2、产权40年或者50年。一般住宅的所有权为70年，在到期后可以自动续期，而商住两用房、产权40年或者50年，在到期后不是自动续期，并且要补交。
3、商住两用房无法迁入户口，这就意味着即使周边区域内有好的教育资源，子女因户口不能迁入也无法就近入学。
4、没有完备的生活配套服务设施。商业项目一般不强制性要求设计配套服务设施，例如学校、商业、居委会等，也就是说没有配套的幼儿园、学校，也没有配套的医疗、养老服务等。这样就会给购买后的日常生活带来诸多不便。
5、按揭贷款实行标准。商住两用房首付50%，为普通住宅的1.1倍，最多为10年，并且不能用。
6、购买时不实行税费优惠的政策。普通住宅购房时有许多优惠的税费政策，但购买商住两用房时没有相应的税费优惠政策。
