褪黑素没有坏处的，只是褪黑素较少见的副作用包括异常的梦境、短暂的抑郁情绪、轻微震颤、轻度焦虑、情绪易激惹、警觉性下降、意识混乱或定向力障碍，以及低血压，老年人还会出现血流减少和低体温症。孕妇或哺乳期女性不建议服用。肝功能障碍者也不建议服用。
外源性褪黑素可能会与一些药物产生相互作用，包括：抗凝药物和抗血小板药物、抗惊厥药、避孕药、降糖药、免疫抑制剂。
