南沙群岛属于热带雨林气候，气候反差大，高温、高湿、高盐，年平均气温28-30℃，夏季地表温度高达60℃。南沙海域常年受东北季风和西南季风影响，每年11月至翌年3月，盛行东北季风，风力在6级以上，波高在2.5米以上；6-10月，是台风季节，盛行西南季风。局部低压造成大风多，南沙海区处于西南大风的风口，不但大风日数多，而且来得突然，持续时间长，风的阵性大。月平均温度在26-30℃之间，雨量充沛，年降水量2800毫米以上。
