1、黄碧玺和黄水晶根本就是两种不同的矿物：在珠宝界里碧玺属于中高档宝石，优质的碧玺比钻石还要稀少。水晶则属于一般的宝石。
2、性价比不同。黄碧玺的价格必然要向宝石看齐，差不多大小的黄碧玺和黄水晶，黄碧玺要贵得多，黄碧玺如果可以达到金丝雀般的色彩，那真是可遇而不可求的。大克拉的黄碧玺很稀少，经过切割之后，95%以上的每颗宝石不到1克拉，正是因为稀少，黄碧玺才成为了有眼光的收藏家的新宠，相比较来说，黄水晶的价值远远就没有黄碧玺的价值大了，不过也是要看品质的。
3、化学成分不同。黄碧玺是一种复杂的硅酸盐，黄水晶是一种无色透明的大型石英结晶体矿物。水晶的主要化学成份是二氧化硅，当二氧化硅结晶完美时就是水晶；二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙；二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石；二氧化硅晶粒小于几微米时，就组成玉髓、燧石、次生石英岩。
