1、化学成分不同。黄水晶主要化学成分：二氧化硅，化学成分中含Si—46.7%，O—53.3%。由于含有不同的混入物而呈现多种颜色。紫色和绿色是由铁Fe2+)离子致色，紫色也可由钛Ti4+)所致，其他颜色由色心所致色。黄玉化学成分为Al2SiO4（F，OH）2，可含有LiBe、Ga等微量元素，粉红色托帕石可含Cr。斜方晶系，二轴晶，正光性。常见晶形柱状，柱面有纵纹。常见无色、淡蓝、蓝、黄、粉、粉红、褐红、绿色等颜色。玻璃光泽，透明。
2、硬度不同。黄水晶的硬度：硬度7，为摩氏硬度，相当于钢锉一般坚硬。黄玉摩氏硬度为8。
3、原石上区别。二者晶面上的条纹，它们的条纹是不同的。黄玉的条纹是竖的，因为它是斜方晶系；而黄水晶的条纹是横着的，因为黄水晶是三方晶系。如果从底面看的话，会看到黄玉有一组很明显的解理，而这解理是不存在与黄水晶中的。黄水晶中只有断口。
4、比重不同。经过科学鉴定，黄玉的比重在3.49左右，而黄水晶的比重比较小，差不多只有2.65。如果实验条件不允许，而刚好的，这是两块体积差不多的待测样品，我们还可以通过用手掂量掂量的方法来区别，黄玉拿在手上会感觉得到重量，而黄水晶拿在手上则是轻飘飘的。
5、光泽不同。黄玉的光泽是比较暖”的，比较柔和，看着很舒服；然而，黄水晶的光泽则给人的感觉是冷”的，很尖锐。
