公司克扣绩效工资可以投诉举报；申请劳动仲裁；打劳动保障热线12333投诉，这个电话全国统一，投诉时需要实名投诉，要提供本人的身份证号码、姓名。到当地力资源和社会保障局的劳动监察大队投诉。这些机构是专业处理劳资纠纷的。
若公司可以说明不是克扣工资，是依法计算只是由于出勤、双方约下的奖金方面的原因而减发工资的，则以上机构是不会处理的。在这种情况下若认为公司确为克扣的，可以提起劳动仲裁。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼
