甘肃祁连山国家级自然保护区地处青藏、蒙新、黄土三大高原交汇地带的祁连山北麓，属森林生态系统类型的自然保护区。该保护区为森林生态系统类型的自然保护区，总面积265.3万公顷，以青海云杉、祁连圆柏、蓑羽鹤等生物为重点保护对象。
1986年10月15日，甘肃省人民政府向原林业部请示，呈请将祁连山保护区划分为国家级自然保护区。
1987年10月24日，甘肃省人民政府批准祁连山自然保护区为省级自然保护区。
1988年5月9日，国务院发布《关于公布第二批国家级森林和野生动物类型自然保护区的通知》，标志着祁连山自然保护区已经成为国家级森林和野生动物类型自然保护区之一。
1990年4月25日，甘肃省林业厅批复祁连山国家级自然保护区所属单位的自然保护站（古城、东大河、西营河等21个保护站、东大山、昌岭山自然保护区名称不变）。
1992年2月3日，甘肃省林业厅批准成立山丹龙首山自然保护站，划归祁连山保护局统一管理。
2002年12月24日，甘肃省林业厅批复东大山、龙首山、昌岭山自然保护区加挂甘肃祁连山国家级自然保护区东大山、龙首山、昌岭山自然保护站牌子的批复。
