外显子是编码序列，内含子不参与编码，会在转录过程中的加工去除。
内含子和外显子的分界线在于：GUAG法则。即每个内含子的开始两个碱基都是是GU，或GT，最后两个是AG。
内含子：断裂基因的非编码区，可被转录，但在mRNA加工过程中被剪切掉，故成熟mRNA上无内含子编码序列。内含子可能含有“旧码”，在进化过程中丧失功能的基因部分。
外显子：断裂基因中的编码序列，是真核生物基因的一部分，在剪接后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。
