1、成分不同。托帕石矿物学名叫做黄玉或黄晶，属于硅酸盐与硅酸盐矿物，是在岩浆结晶过程的最后阶段所散发出来的含氟蒸汽形成的。而水晶属于石英族，主要成分是二氧化硅。水晶的形成条件很苛刻，含有二氧化硅的饱和液，经地壳运动遇到高温高压，使热液中的二氧化硅融化，后又逐渐冷却凝结，在一定的空间和时间内慢慢长成水晶。托帕石是黄玉，而水晶是石英，所以它们是两种不同的矿物。
2、物理特性不。托帕石密度约为3.53g/cm3，摩氏硬度是8，双折射率为0.008-0.010，色散0.014，多色性依体色不同而不同，一般情况下，托帕石晶体颜色比较一致。水晶密度约为2.66g/cm3，摩氏硬度是7，双折射率0.009，色散0.013.无色水晶没有多色性，有色水晶有弱到强的多色性，表现为晶体上颜色的深浅。水晶的颜色比较多，有无色、紫色、黄色、粉红色、绿色、黑色等，其中无色、紫色、粉色比较多。
3、比重不同。托帕石的光泽会比水晶亮点，比重也比水晶重比水晶大，同样的规格托帕石会比较重些。从硬度上看水晶的硬度比托帕石小，如果用水晶划托帕石的话，水晶会有损伤。
4、产地不同。水晶主要出产地有中国的江苏东海、巴西、乌拉圭、俄罗斯的乌拉尔山、印度、尼泊尔马达加斯加、美国和墨西哥。托帕石主要产地为是巴西、斯里兰卡和美国。新疆准格尔盆地周边、吐鲁番盆地周边。
