摩托车加装侧货箱不违法,也不算非法改装,不会被扣车,也不影响年检等事项。《中华人民共和国道路交通安全法》第十五条规定，警车、消防车、救护车、工程救险车应当按照规定喷涂标志图案，安装警报器、标志灯具。其他机动车不得喷涂、安装、使用上述车辆专用的或者与其相类似的标志图案、警报器或者标志灯具。
《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条规定，任何单位和个人都不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。不得改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号。
