细菌的合成代谢产物有热原质、毒素和侵袭性酶、色素、抗生素、细菌素以及维生素。
1、热原质：大多数为革兰阴性菌合成的菌体脂多糖。注入人体或动物体内能引起发热反应，故称热原质。
2、毒素和侵袭性酶：细菌产生毒素，包括内毒素和外毒素。内毒素为革兰阴性菌的脂多糖。外毒素是革兰阳性菌产生的蛋白质，毒性强。
3、色素：有水溶性色素（铜绿假单胞菌的色素）和脂溶性色素（金黄色葡萄球菌的色素）。不同细菌产生不同的色素，在鉴别细菌上有一定意义。
4、抗生素：是由某些微生物代谢过程中产生的、能抑制或杀死另一些微生物和癌细胞的微量生物活性物质。注：抗生素大多数有放线菌和真菌产生，细菌只可以产生少数几种，如多粘菌素和杆菌肽等。
