大结局是江晓琪和何建一经过彼此的认可在一起了。在当年郑岚因为抢救科研资料，而错过了救江晓琪父母的时机。剧情的结尾，郑岚畏罪自杀，并且在遗书中说出了当年江晓琪父母死亡的真相和收养江晓琪的原因。
因为心怀愧疚所以收养了江晓琪来弥补自己当年的过错，但是江晓琪终究没能放下过去，原谅自己，晖卫制药的巨大阴谋也随之结束。在另一面，江晓琪也因为和何建一的误会要去递交辞职信准备出国，在这时医院里逃脱的郑伟借钱并带着刘苗准备逃跑离开这里。
因为魏宏伟及时到来，郑伟被迫逃进孙亮病房劫持了孙亮，江晓琪，何建一和警察们也随之到来，这时孙亮配合何建一假装癫痫发作，骗过郑伟。何建一进房后打开窗帘，郑伟被击毙但在最后一刻开枪打中了何建一。
经过一番抢救，何建一终于脱离危险。孙亮因为何建一的行为感动决定认罪，江晓琪也为了何建一决定留下来，并且在何建一醒后与何建一解除了矛盾。赵老师的儿子赵四海最终得知事实真相，向江晓琪道歉并致谢。最后在海洋和珍妮的婚礼上，随着一声紧急电话的到来，每一个医生都冲去急诊科和死神作斗争。
