1、受货载的限制，使航线上的货物流向不平衡，往往在一些支线运输中，出现空载回航或箱量大量减少的情况，从而影响了经济效益。
2、需要大量投资，产生资金困难。
3、转运不协调，造成运输时间延长，增加一定的费用。
4、受内陆运输条件的限制，无法充分发挥集装箱运输门到门的运输优势。
5、各国集装箱运输方面的法律、规章、手续及单证不统一，阻碍国际多式联运的开展。
