电影X战警黑凤凰剧情设置在20世纪八九十年代,故事将聚焦凤凰女琴・葛蕾的内在人格被释放后黑化为暗黑凤凰,并与X战警开战的故事。
X战警将面临他们最强大又可怕的敌人:他们的一位成员――琴・葛蕾。在一次太空救援任务中,琴被一股神秘的宇宙力量击中险些死亡。返回家中后,这股力量令她变得无比强大的同时也极不稳定。
琴在与体内能量搏斗期间释放了自己无法控制也无法领会的力量。随着不断失去控制,琴伤害了她的至亲之人。这一举动割裂了维系X战警的纽带。
现在随着X战警家族渐渐分崩离析,他们必须找到办法重新团结一心,不仅为拯救琴的灵魂,更为地球的安全。因为外星势力正意图武器化琴体内的力量并以此统治银河系。
最终,万磁王和X教授抛弃成见,一场大战众多的X战警都牺牲了。而且与之相对的,众多英雄牺牲的同时,琴无动于衷。就在最后关头,琴飞向了太空,释放了凤凰之力。所有外星舰队就都被摧毁了。