超微小气泡如果使用不当也会对皮肤造成损害，甚至影响皮肤的健康。
在超微小气泡深层清洁治疗的时候，如果遇到美容师的手法和力度控制不好的，让超微小气泡深层清洁仪器在皮肤上停留的时间过长，就会使皮肤出现红肿。超微小气泡深层清洁可能会让求美者皮肤过敏，这一般是因为小气泡深层清洁仪器不正规，还有可能是小气泡深层清洁治疗时操作失误导致。
