菌液PCR用来鉴定构建好的克隆或者亚克隆是可靠的。
PCR体系小一些也是可以的，只要注意，菌液的量一定不能过多，一般10微升的PCR体系中，加入过夜培养的菌液只需0.5微升。或者当菌在培养板上生长出来的时候，用灭菌牙签或者枪头蘸取，再沾到PCR体系中，然后扔掉枪头或者牙签就可以了。
PCR程序的设置按正常值设置，不需要增加循环数，一般如果材料是构建成功的，15个循环就完全可以看出目的条带。想要保证菌液PCR可靠，另一个要注意的是要设置好阳性与阴性对照，特别是阴性对照。如果是想直接从基因组里面获得某个基因或者片段，建议使用纯的DNA模板来操作比较好。
