不是所有原子轨道都有正负部分。如1s轨道符号处处相同，没有异号的部分，不过其他的一般都有正负部分。
原子轨道实际上是一个波函数，这个函数描述核外电子的状态。原子轨道的符号就是波函数的符号，波函数不涉及电子自旋，故原子轨道正负号与自旋无关，同号异号的原子轨道都可能形成有效重叠，只是形成新轨道的能量不同。无效重叠是指对称性不匹配的情况。
