撒拉族笃信伊斯兰教，其先民从中亚迁来循化时带有伊斯兰的根本经典《古兰经》
撒拉族原来没有教派之分，都属于逊尼派中的“阁的木”教坊制度。自清代乾隆年间，河州回族聚居区产生了“门宦制度”和一些不同教派后，先后传入了撒拉族地区，并开始了教派之分和教派之争。
《循化志》(卷八)说：“回教一而已矣，所法灭经三十本出自唐时其祖师马哈麻(即穆罕默德)所为，因民世守之。到乾隆初年，而河州回民始有前开、后开之异。……其始不知何时，然教自是分为二。”
“前开”是先开斋后礼拜，“后开”是礼拜后再开斋。“顾其异者，节目之不同也，无二经也。”[《循化志》(卷八)]，乾隆年间河州回民马来迟从阿拉伯朝觐归来，倡诵“冥沙经”，并到撒拉族地区传虎夫耶派的花寺门宦。此后，撒拉族中的伊斯兰教开始分派别，源别支流日益增多，例如老教、老新教、新教，是根据教派所传时间而定的。除以上教派之外，另有哲赫耶一派。
在宗教制度和宗教仪式方面，撒拉族还有许多与其他民族和地区不同的特点。每个撒拉族聚居的自然村都建有清真寺，寺院的组织情况是：每个“海依寺”聘大学阿訇一人，二学阿訇一至二人，“满拉”若干人。此外，清真寺里还推选一个专门侍奉开学阿訇的人叫“穆扎维”，此人选须是精明能干、勤快麻利的。另外，撒拉族在宗教上曾有过一种名为“尕最”总掌教的教长制度。
撒拉族穆斯林严格遵守伊斯兰教的一整套宗教制度，实行念、礼、斋、课、朝五项功修，称之为“五功”或“五桩天命”；过伊斯兰教的主要节日开斋节、宰牲节和圣纪节。
