1、根腐病。根腐病顾名思义，主要危害种植的根系部位，发病时植株根系呈现褐色，随病情加重根系逐渐腐烂变为黑色水浸状，最后植株叶片逐渐枯黄，做后导致植株死亡。防治方法：选择土壤排水性好、透气性好的栽培地，栽培地最好两年一耕，忌连作，种植前对土壤和种子消毒处理，发现病害及时处理，及时将病株拔除，然后销毁，对病株周围地区消毒，防止病毒蔓延。
2、白粉病。白粉病发病初时，叶片开始出现灰白色粉状的病斑，随时间推移，叶片逐渐出现黑色小颗粒，到最后叶片布满白粉，植株慢慢枯死。防治方法：种植前对种子和土壤进行消毒，发现病害后及时拔除病株烧毁，忌连作，最好轮作，病害初期可用代森锌500倍液连续喷雾防治。
3、菌核病。菌核病发病初期叶片开始变黄，根系开始慢慢腐烂变空，这点和根腐病类似，但它的根系外表看起来正常，但里面已是腐烂成空，空腔内含有多个黑色小粒状菌核。防治方法：种植前对种子和土壤进行消毒，可在种植穴内世家石灰或草木灰，发现病株和前面一样的处理方法，病害初期可用代森锌500倍液连续喷雾防治。
4、锈病。锈病主要危温暖害叶片，发病时叶片出现锈色不规则病斑，并有锈色粉末，锈病危害极大，它的孢子生命力极强，可在环境中生存，可多次重复侵染，蔓延速度极快，受害面积极广。防治方法：在当归收获后将残株病叶集中烧毁，这样可减少越菌源，发病初期用粉锈宁25%可湿性粉剂2000倍液喷洒。
