1、形成的不同，玛瑙为先天火山形成，蜡石为石英石后天渗透；
2、质地的区别，玛瑙为隐晶胶质，而蜡石多为显晶石英蜡质感更强；
3、硬度，玛瑙硬度在磨氐度7以（可以钢刀或玉器做破坏性试验）而蜡石硬度为3-5度不等；
4、透明度，玛瑙常为不透或微透；蜡石则为全透或半透，常光下内眼不难分别；
5、玛瑙由于先天一次形成，所以质地大至相近，以单个大小。含杂多少及颜色分等级，蜡石由于后天形成，所以只有分地区相近的蜡石，没有两块同一质地的蜡石。
