防止肠道传染病的发生。饮用水消毒的目的是杀灭水中对人体健康有害的绝大部分病原微生物，其中包括细菌、病毒、原生动物等，以防止通过饮用水传染疾病。由于消毒处理并不能完全杀灭水中所有微生物，所以消毒处理是在达到饮用水水质微生物学标准的条件下，将饮用水导致的水介传染病的风险降到最低，达到完全可以接受的水平。
所谓灭菌是指杀灭水中所有微生物的处理过程，而消毒是指杀灭水中对人体健康有害的绝大部分病原微生物、防止水介传染病、实现饮用水水质微生物学有关指标的处理过程。灭菌和消毒这两者的区别在于前者是杀灭水中所有微生物，后者是杀灭水中绝大部分微生物，可见两者区别主要是程度上不同。当然，消毒处理最好能达到完全灭菌，但实际上却不能实现完全灭菌，这受多种因素影响。尽管如此，消毒处理必须将饮用水导致的水介传染病的风险降至极低，其判明准则是消毒处理能达到饮用水水质微生物学有关标准。
