根据藻类的光合色素、个体形态、细胞结构、生殖方式和生活史等，可将藻类分为10门：蓝藻门、裸藻门、绿藻门、轮藻门、金藻门、黄藻门、硅藻门、甲藻门、褐藻门和红藻门，其中，蓝藻门、裸藻门、绿藻门、硅藻门的一些藻类与水体富营养化有关。
藻类是水体中的初级生产者，也是水生食物链的基础环节，在光合作用下它们吸收水中的无机营养盐和二氧化碳，制造有机物，它们的存在无论是水体生产能力还是水体污染的自净作用均具有十分重要的意义，因此，在研究读物或废水对水环境的影响时，都把藻类测试作为一种重要内容。
