1948年1月中国国民党革命委员会在香港成立，当选为常务委员和政治委员会主席，随即发起组织民革驻美总分会筹备会，7月应中共中央邀请参加中国人民政治协商会议筹备工作，在苏联驻美大使潘友新的帮助下，自美国回国乘“胜利”轮途经黑海在向敖德萨港（今属乌克兰） 行进途中，因轮船失火，于9月1日与女儿冯晓达一起遇难，享年66岁。
1949年9月，在冯玉祥遇难一周年之际，中共中央在北平隆重举行追悼会。毛泽东送了挽联，周恩来致悼词，高度评价了冯玉祥为实现民主的新中国所做的努力。
