1、遗传分析是传统的研究基因功能的方法。通过表型来寻找引起功能异常的突变，但是寻找点突变无异于大海捞针，非常困难。
2、正向遗传学方法，用物理方法或化学诱变剂造成的许多突变，通过表型来研究基因功能，该方法局限在于涉及多点、多个基因的变化，而且很难确定是哪个基因在起作用。
3、反向遗传学方法转基因，技术出现在八十年代初，有效但是稳定性较差，效率并不高。
4、随着现代分子生物学技术的不断提高和小鼠胚胎干细胞技术的成熟，八十年代末发展了革命性的基因打靶技术。基因打靶技术是一个从分子水平来研究基因功能的有效途径，但是该技术需要对靶基因的结构和功能有相当深的了解，才能设计出可行的同源重组方案。
