模式微生物一般有：酵母菌、大肠杆菌、果蝇等。
1、酵母菌是一些单细胞真菌，可在缺氧环境中生存，人类直接食用量最大的一种微生物。形态通常有球形、卵圆形、腊肠形、椭圆形、柠檬形或藕节形等。酵母菌主要生长在偏酸性的潮湿的含糖环境中，能提高发酵食品的营养价值。
2、大肠杆菌是Escherich在1885年发现的，在相当长的一段时间内，一直被当作正常肠道菌群的组成部分，认为是非致病菌。直到20世纪中叶，才认识到一些特殊血清型的大肠杆菌对人和动物有病原性，尤其对婴儿和幼畜，常引起严重腹泻
