蓝藻是原核生物，衣澡是真核生物，所以它们结构的相同于不同，实际上就是原核生物与真核生物的结构不同。即蓝藻无成型细胞核，无高级细胞器。两者结构上相同点：都是单细胞生物、都有细胞壁、细胞膜、核糖体，营养方式都为自养型，因为它们都有叶绿素。
