西瓜黄化主要有三个原因分别是肥水管理不当，缺素还有病虫侵害。
首先是肥水管理不当造成的西瓜黄化。西瓜生长需要吸收大量的肥料，但目前绝大部分的瓜农偏重使用化肥，超量施用农家肥。长期大量使用化肥会使土壤溶液浓度增高，施用未充分腐熟的农家肥均会伤害西瓜的根部，从而出现西瓜黄化。另外，西瓜喜湿耐旱、不耐涝，不过很多的瓜农一天浇一次水，土壤过湿造成沤根、烂根引发西瓜黄化。
其次是缺素造成的西瓜黄化。由于近些年来西瓜连作现象普遍，长期连作重茬的土地中某些中微量元素通常较为缺乏，如钾、钙、硼等。在这些土地种植西瓜，西瓜容易因为缺素而出现黄化。
再者就是病虫害引致的西瓜黄化，如西瓜霜霉病、西瓜根腐病、西瓜根结线虫病等。前两者属于较为常见的病害，在此不展开讨论。而西瓜根结线虫病在最近几年有迅速蔓延的趋势，但瓜农对其较为陌生，对西瓜生产造成巨大的影响。
