1、道尔顿把化学反应中相对不可分和不可转化的原子，视为绝对不可分割、没有内部结构的终极粒子，认为作为构造宇宙之砖的终极原子的存在是不可怀疑的；2、道尔顿没有认识到任何具有确定性质的物质，可以独立存在的是分子，而不是原子，因此他的关于复杂原子的概念在许多场合下显得含糊不清；3、无法确定化合物组成的原子比，因此也无法合理地确定元素的原子量，为此道尔顿不得不做了一系列主观武断的假设。
