1、真核细胞型微生物，即为有真正细胞核的微生物。特点：细胞核分化程度高，有核膜和核仁，细胞器完整；
2、原核细胞型微生物，即没有真正细胞核的微生物，只有拟核。特点：细胞核的分化较低，仅有原始核，无核膜、核仁。细胞器很不完善。DNA和RNA同时存在；
3、非细胞型微生物，即没有细胞核的微生物。特点：无典型的细胞结构，只能寄生在活细胞内生长繁殖。核酸类型为DNA或RNA。
