1、考察范围不同：《申论》考试面向公务员，考查社会共性问题，比如教育改革，更多侧重考核考生的政治敏感度，对政策的把握，属于方向性；《综合应用能力》考试面向事业单位，考查考生在某一领域内、专业性更强，实际解决问题的能力，处理具体问题。
2、考试题型不同：《综合应用能力》考试包括除了《申论》中基本题型外，还增加了辨析题、校阅改错题、认证评价题、科技文献阅读及科技实务题等。就应用文这一方面来说，它包括公文和事务性文书，《申论》一般在小题里考查公文写作，而《综合应用能力》可能会在大题里考查事务性文书写作。
3、答题难度不同：申论侧重于考查政务热点和焦点问题，材料相对集中。《综合应用能力》由于材料较少，出题更灵活，考核范围更加广泛，这也给了考生更多的发挥空间，所以难度更大一些。
