1、南沙一中,由原南沙中学和南沙二中合并成立,学校2011年3月4日举行了揭牌仪式,标志着南沙区第一所“广东省国家级示范性普通高中”正式全面运作,原南沙中学为南沙一中初中部,南沙二中为南沙一中高中部;
2、麒麟中学,创办于2006年9月,是南沙建区以来新办的第一所区直属公办普通高中,座落于南沙区黄阁镇,地处南沙区城市发展的中心地带,也是南沙区未来的政治、经济和文化中心,学校现有高中班18个,教师65人,学生871人,高级教师比例21%,本科率100%;
南沙的其他中学还有:广州外国语学校,民办的英东中学,初中有新垦中学、珠江中学、万顷沙中学、横沥中学、黄阁中学等。