透射电镜使用的信号是forward scattering electrons，而扫描电镜使用的是backward scattering electrons，前者分辨率较后者高,如2010能够达到2、3nm左右，可得到高分辨率图像，观察位错孪晶等，而后者一般用于观察样品表面形貌，由于扫描电镜景深较大，所以图像立体感强，此外，投射电镜很大一部分时间都花在样品的制备上了，做到几十个微米薄；而相比较扫描电镜样品制备较简单。
