酸奶的饮用因人而异，但有以下一些规则可参考：
尽量在饭后一定时间内饮用，不宜空腹饮用，特别是清晨时空腹饮用。因为在空腹状态下饮用酸奶，很容易刺激胃肠道排空，酸奶中的营养来不及彻底消化吸收就被排出，饭后饮用则可缓冲这一刺激作用。含活性双歧杆菌及嗜酸乳杆菌的酸奶尽量不要与抗生素类药物同时饮用，一般应间隔4-6小时。因为抗生素可杀灭酸奶中的活性菌而起不到促进健康的作用。
酸奶不宜在空腹时饮用还有一个原因：适宜乳酸菌生长的酸碱度为PH5、4以上，空腹时胃酸分泌较多，酸性较强的胃液很容易杀死乳酸菌，使保健作用减弱。所以，饮用酸奶的最佳时间是在饭后30分钟到2个小时之间。 酸奶饮用的最佳温度是10-12°C，在这种温度下，酸奶的口味较好。夏季酸奶的饮用温度可适当降低。
