离子色谱的分离机理主要是离子交换，有3种分离方式，它们是高效离子交换色谱、离子排斥色谱和离子对色谱。用于3种分离方式的柱填料的树脂骨架基本都是苯乙烯-二乙烯基苯的共聚物，但树脂的离子交换功能基和容量各不相同。高效离子交换色谱用低容量的离子交换树脂，离子排斥色谱 用高容量的树脂，离子对色谱用不含离子交换基团的多孔树脂。3种分离方式各基于不同分离机理。高效离子交换色谱的分离机理主要是离子交换，离子排斥色谱 主要为离子排斥，而离子对色谱则是主要基于吸附和离子对的形成。
