1、加工方式不同：生瓜子经过自然风干即可食用。而熟瓜子一般是炒制和烘干两种。炒制就是把香料加入瓜子中翻炒，瓜子皮入味，这种火性比较大，容易上火的人都不敢多吃。烘干的方式是把瓜子放入有香料的水中浸泡，入味以后烘干，这种加工方式会稍微干净一些，尘土比较少。
2、营养价值不同：生瓜子含有百分之五十的不饱和脂肪酸，并且维生素E含量非常高。而高温炒制或烘焙过的熟瓜子，虽然也有生瓜子的营养和功效，但营养损失了很多。因为在炒制或烘焙过程中会破坏瓜子的营养，特别是不耐高温的油脂，以及一些微量元素。
3、总的来说，生瓜子的营养成分要高于熟瓜子，另外相较于生瓜子，熟瓜子在经过炒制或烘焙过后，会损失部分营养物质，很多营养成分遭到一定破坏。而且食用熟瓜子后比较容易上火，容易发生便秘。
