故事主角是一个名叫小智的男孩，住在真新镇中，与母亲相依为命。在小智的世界里，任何人只要年满十岁，可以成为神奇宝贝训练家，并从神奇宝贝学家大木博士手中领取一只神奇宝贝。小智为了要成为神奇宝贝大师，踏上修行的旅程接受考验。出发的当天，小智却因睡懒觉误了时间。但经过重重考验，最终成为一名神奇宝贝大师。
