蛋白质中一定含有的元素为碳元素、氢元素、氧元素、氮元素，可能含有的元素有磷元素、硫元素、铁元素、锌元素、铜元素、硼元素、锰元素、碘元素。 标志性的应该是氮元素和硫元素，细胞中的硫元素大部分都存在于蛋白质分子中。
