1、含义不同：所谓的直管公房就是指由国家各级房地产管理部门管理的一种国有房产，其中还包括了计划经济时代国有和大集体企事业单位自建的一种福利房。而公共租赁住房则是指由国家提供了政策支持、限定建设的标准和租金的水平，面向符合于规定条件的城镇中等偏下的收入住房困难的家庭、新进就业无房职工和在城镇稳定就业的外来务工人员进行出租的一种保障性住房。
2、性质不同：国家房地产管理部门享有所有权的或者是直接经营管理的一种房屋被称为直管公房。其管理的形式表现为某市某区的某个房产经营管理所，其简称房管所。而公租房则不是归个人所有的，而是由政府或者是公共机构所有的，其是用低于市场价或者是承租者所承受得起的价格，向新就业的职工进行出租，包括了一些新的大学毕业生、退休老人以及残疾人等，还会有一些从外地迁移到城市工作的这类群体。
3、管理不同：公租房的供应对象则主要是城市的中等偏下收入住房的困难家庭。有条件的地区可以将新就业的职工和有稳定的职业并在城市居住一定年限的外来务工人员纳入到供应的范围。而直管房持公房的使用权在上市进行交易时一方当事人应当是公有住房的合法承租人，公房的使用权在进行交易之前，当事人双方应当要签订一个书面的协议，其协议在签订以后，当事人双方要持相关的材料到房屋所在地的直管公房经营管理单位去办理公房的使用权互换、转让以及转租的手续。
