5s和se电池容量的差别：iPhone 5S电池容量为1560mAh、5.45Whr、3.8V；iPhone SE电池容量为1642mAh、5.96Whr、3.8V。iPhone 5s和iPhone se的电池容量和功率是不一样的。相比较iPhone 5s中的电池，se的电池功率有小幅提升。电池尺寸方面并未增加，苹果公司通过升级技术来提升了容量，且se的电池由中国厂商德赛电池提供。
电池接口的差别：苹果5s和苹果5se电池并不能通用，因为接头不同、容量也不同、会折损机器寿命。
电池性能的差别：由于5s使用的是28nm制程工艺的A7处理器，而se使用的是14/16nm制程工艺的A9处理器，相比5s，se有着更出色的能耗比。在A9处理器强劲的性能支持下，iPhone SE用户在长时间开启省电模式下可以获得更长的续航时间。
对5s和se的电池进行续航能力测试，在日常应用中，同样进行视频录制、通话、拍照等事项后，5s的表现不如se，并且差距极为明显。
为了使5s和se的电池获得较长的使用时间，以及长久的续航性能，需要注意以下事项：
首冲，充满即可，不必充12小时；
电池在任何电量下其实都可以充电，对电池影响不大；
每周有一次完全的放电和充电过程为佳；
电池均有过冲保护功能，但仍然建议手机充满电后拔掉；
当电池充电到100%的时候，此时拔掉充电器是最佳时机，如果继续再充电，也不会继续向电池储存电量，触发电池保护芯片的过充保护功能，电源已经无法再向电池充电，接下来的时间就进入了电池消耗阶段。所以电池电量充到100%满格时是电量最充足的时刻，因此没有必要多充电或者长时间充电；
当手机提示电量过低时，应及时结束通话，或者不要继续玩手机游戏。此时需要立即充电，这样可以更好地保养电池的寿命。
