1、并购贷款业务风险防范：与一般的商业贷款相比，并购贷款的复杂性和风险性更高，并购的风险也较大，加大了银行在并购贷款风险管理上的难度。
2、商业银行并购贷款人才匮乏：按照目前国内商业银行投资银行部的实际操作水平，要完成包括并购贷款业务受理、尽职调查、风险评估、合同签订、贷款发放、贷后管理在内的多项主要并购环节的管理控制工作，难度系数相当大。
3、股权投资存在法律障碍问题：并购贷款的放行也引发了对商业银行从事股权投资问题的关注，商业银行未来将作为一方主体参与到有贷款支持的并购交易中，一旦并购失败，商业银行将可能被动成为股权承接者，然而，按照我国现行的法律规定，商业银行在持有用于抵债的股权问题上尚存在法律障碍。
4、并购贷款业务客户资源储备不足问题：现在并购贷款的客户选择，倾向于选择国有大型企业并购项目，还有较为熟悉的传统客户国有大型企业，这样有利于其风险管控措施的实施。
