自来也死掉是在第353话“自来也豪杰物语”中,在这一集里,自来也被自己的徒弟长门所杀。
长门利用轮回眼制造出了佩恩六道,自来也为了调查晓组织的秘密来到了雨忍村,调查中发现自己的徒弟长门就是晓组织的首领,长门利用痛苦来实现真正的和平,但是遭到了自来也的反驳,自来也最终决定打败他,但是佩恩的能力很强,自来也不清楚敌人的能力,一直处于下风。
后来自来也配合蛤蟆仙人使用了幻术将佩恩控制住,长门也因此被困,自来也说长门弄错了自己的方向,你也不是传说中的预言之子。随后自来也用大刀将佩恩的肚子切开了口子,以为这样就结束了,没想到后面又出现了另一个佩恩,将自己的手臂打断。
之后自来也明白了佩恩的秘密,刚要说出来,喉咙被捏碎,身体被金属棒贯穿,自来也临死前想到了鸣人的意志,蛤蟆仙人跳到他面前,自来也用最后的力气写下了暗号,随后尸沉大海。