全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。1986年，RenatoDulbecco是最早提出人类基因组测序的科学家之一。他认为如果能够知道所有人类基因的序列，对癌症的研究将会很有帮助。提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段，加上接头,进行DNA簇制备，最后利用Paired-End或者Mate-Pair的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通过Paired-End的距离可进一步组装成Scaffold，进而可组装成染色体等。
