构成不同、审批和验收程序不同、企业资格条件不同。
构成不同：保税物流中心A型是批由一家法人企业设立的并经营的保税物流服务的海关监管场所；保税物流中心B型是指由多家保税物流企业在空间上集中布局保税物流的海关监管场所。
审批和验收程序不同：税物流中心A型应由企业申请经直属海关审批并由直属海关会同省级国税，外汇管门验收；物流中心B型由直属海关授理审核后报海关总署审批，并由海关总署国家税务总局和国家外汇管理局等部门组成联合验收小组进行验收。
企业资格条件不同：保税物流中心A型因主要针对大型生产型的跨国公司和大型物流企业，因而对申请设立业的资格要求较高，要求企业注册资本量低为3000万人民币；物流中心B型经批准设立后，对企业的入驻资格要求较低，以注册资本为例，只须达到5万人民币即可。
