原则上已经认证的发票不允许对方作废。但是实际上有时候在沟通不畅的时候，会出现一方认证一方作废重开的情形。处理办法是，认证方做进项税转出即可。但是发票不能退给对方，对方作废之后没有作废发票在手边，对于税务的发票专项检查需要出具说明。因此这需要购销双方功能协调。当然还可以让销售方次月开红字发票的方式处理。这种方式非常规范，但是稍稍有点麻烦而已。
《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）第二十条规定，同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：
1、收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；
2、销售方未抄税并且未记账；
3、购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
该规定所称抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文。因此，增值税专用发票开错后，尚未收回发票的抵扣联和发票联不可以作废。
