有机牛奶与普通牛奶的不同主要在于饲料来源、奶牛的饲养方式、牛奶处理过程。有机食品与我国绿色食品的最显著差别是，前者在其生产和加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素等人工合成物质，后者则允许有限制地使用这些物质。因此，有机食品的生产要比绿色食品难得多，需要建立全新的生产体系，采用相应的替代技术。只有这样，有机奶牛所产的有机牛奶才能最大限度保存牛奶的天然营养成分，有机牛奶新鲜程度会大大提高。当然，在牛奶的后期加工中，也不加入防腐剂、抗生素等物质，有机奶的保质期也会相应缩短。
